почему в словах вратарь, звонарь, пахарь суффикс АРЬ выделяется а в слове секретарь нет?

Почему в словах вратарь, звонарь, пахарь суффикс АРЬ выделяется а в слове секретарь нет?вратарь - от слова врат(а)пахарь -  от слова паха(ть)звонарь - от слова (звон(ить)слово секретарь не соотносится со словом секрет.