"у Саши они цвета волос сестры. а у нее брата"
имеется в в иду, что у нее цвет как у брата. нужно ли тире "а у нее - брата"?

конечно нужно поставить

Конечно, надо поставить тире в "а у нее - брата", ибо похоже на "а у нее как у брата" и частицу "как" убрали, и поставили тире.