Грамматическая основа предложения:
Здесь пахнет затхлостью, нежилью.

докажи

пахнет-сказуемое(двумя чертами) тут нет подлежащего!

Пахнет - тремя чертами.Потому - что предложение одно составное.Пахнет - это глагол и как мы знаем глагол может быть сказуемым в отличие от других частей речи в предложении.