Подскажите пожалуйста. Звук Й может обозначаться на письме буквами...?

Как это понять? Если вы пишете звуковую схему, то иногда он его пишут в виде запятой сверху, показывая мягкость согласного:[дын’а], но бывает его пишут как обычную букву:[с’ин’ий].На письме он пишется обычной буквой й-ий краткая.