Почему необходимо выбрать разные буквы для обозначения одной и той же фонемы

Наверное, потому что в словах бывают разные ударения и одна и та же буква в разных словах может стоять в начале, середине, конце слова. А также может стоять после мягкого согласного или после гласной.