что ты видишь в моих глазах?(этот вопрос задается когда человек говорит о обоих глазах да?)
а если я хочу задать вопрос
только одного глаза
как будет
"что ты видишь в......?"

кстати, не "о обоих", а "об обоих". Если после О слово начинается с гласной, то используют ОБ.

что ты видешь в моем глазе

в моем глазу.  Склонение хорошо помогает проверять Викисловарь.  Набираешь в поиске викисловарь глаз, там все падежи.