В разборе имени СУЩЕСТВИТЕЛЬНОГО как часть речи мы определяем род по начальной форме или по форме которая нам дана,к примеру:
помидорка-сущ.,н.ф-помидор.,Ж.Р или М.Р???

В морфологическом разборе имени существительного род определяется по форме, которая нам дана, т.к. начальная форма имени существительного пишется в мужском роде единственном числе.