Скоро мы ушли за двадцать километров, на Глухое озеро, но Мурзика не взяли.
.
.
Здесь уточнение "за двадцать километров", но почему не стоит запятая, ведь уточнения всегда выделяются?

на Глухое озеро (куда именно?) - это уточнение, а за 20 км - можно заменить - скоро мы ушли "намного далеко" или скоро мы ушли "подальше", поэтому запятая не требуется после "ушли"