Делая их, я столкнулся с проблемой.

Найдите Причастный оборот, и где надо выделить его.

Это деепричастие, т.к вопрос от глагола.Столкнулся (как?) Делая|Делая их|, я столкнулся с проблемой.В начале. ( как образец сверху ^^^)

Делая их - это и есть причастный оборот, он уже выделен запятой.