Дядя Яков любовно настраивал гитару, а настроив, говорил одни и те же слова. Какое подлежащее? Точно не дядя Яков, а какое-то одно слово либо дядя, либо Яков (одно подлежащее, другое приложение).

Давайте определим, что является приложением.

Приложение обычно указывает на качество, свойство, национальность, возраст, профессию, социальное положение, родственные связи предмета.  

Т.е. приложение- это слово дядя,определение. Значит подлежащее-Яков.