Есть такое понятие - дуплексив. Это слово или словосочетание, играющее две синтаксические роли. Ваза из хрусталя (Какая? Из чего?) - несогласованное определение и дополнение. Кстати, несогласованное определение можно заменить, как правило, согласованным (хрустальная ваза)
Мебель - прямое дополнение. А какой вопрос наиболее естественный? вижу мебель (какую) или (из чего)? Ясно же, что первое. Поэтому "из дерева" - определение.