Почему в одном месте цельное словосочетание, а в другом нет?
Сестра пришла с тремя учебниками. Тремя учебниками = определение + дополнение.
В лесу мы встретили двух лесорубов. Двух лесорубов = цельное словосочетание -дополнение, слаженное из двух слов..

С тремя учебниками - это цельное словосочетание, смысл искажается, если вы исключите одно из двух слов ( сестра пришла с чем? с тремя...)Двух лесорубов - это дополнение из двух самостоятельных по смыслу, то есть слов, каждый из которых может быть дополнением в отдельности ( в лесу встретили двоих; в лесу встретили лесорубов)Словосочетания, которые являются несвободными, цельными, выступают как единый член предложения.