Почему в этом предложении 2 запятых?

В этом предложении используются две запятые, так как оно содержит сложносочиненное предложение, объединенное союзом "а". Перед союзом "а" обычно ставится запятая.

Союз "а", перед ним стоит запятая. Перед "заполнившиеся водой" стоит запятая, потому что это причастный оборот