С точки зрения грамматики, "вирусы" и "бактерии" являются "что", так как это неодушевленные объекты. Поэтому правильнее говорить "что такое вирус?" и "что такое бактерия?".Однако, в контексте биологии, также употребляется слово "кто" для обозначения бактерий и вирусов, так как они являются микроорганизмами. Поэтому также можно говорить "кто такие бактерии?" и "кто такие вирусы?".Таким образом, можно использовать и "что" и "кто" для обозначения вирусов и бактерий, однако "кто" в данном случае использовать определенно не обязательно. Общепринятое терминологическое обозначение в научном сообществе - это "микроорганизмы", и, следовательно, можно говорить как "что такое микроорганизмы", так и "кто такие микроорганизмы".