В словах “начать-начинать”, “сжать-сжимать” и “внять-внимать” орфограммой является чередование гласных “а” и “о” в корне “-чин-” (в слове “внять” корень “-вним-”). Это чередование является историческим и связано с процессом изменения языка.
Орфограмма – это написание, которое не может быть однозначно определено на основе произношения. В данном случае, мы имеем дело с историческим чередованием гласных, которое не подчиняется единому правилу, а должно быть запомнено.