Слово "чародей" состоит из корня "чар-" (от слова "чары") и суффикса "-одей". Второй корень, как таковой, здесь отсутствует, поскольку слово образовано не от двух корней, а от корня и суффикса, который имеет смысловую нагрузку, связанную с осуществлением действия или обладанием свойством.