одним из значений слова стол в древне русском языке было престол [трон,княжение].Стол[престол] находился в столице княжества .На престолах восседали князья ,а позднее -цари Города где были княжеские или царские столы -престолы [троны],стали называть стольными городами а потом  -столицами .