какого склонения слово настроение

а почему тогда во фразе <Она была не в настроении > у этого существительного оконание и, а не е?

потому что это существительное на ИЕ , тут склонение не к чему. ТО ЕСТЬ ЕСЛИ ОНО НА ИЕ И ОНО В ЭТОМ ПРЕДЛОЖЕНИИ В П.П. , ЗНАЧИТ ОКОНЧАНИЕ И

Потому что есть определённое правило на окончание с:

2 склонение , средний род 

настроение-2 склонение