Самое главное различие состоит в том, что растения и бактерии принадлежат к разным классам: растения - эукариоты, бактерии - прокариоты. В отличие от растений, у бактерий нет четко сформированного ядра, генетический материал представлен одной кольцевой хромосомой, называемой нуклеоидом, которая не имеет гистоновых белков в своем составе.Также бактерии не имеют центриолей, лизосом, пластид, аппарата Гольджи, митохондрий, эндоплазматического ретикулума. У растений клеточная стенка представлена целлюлозой, а у бактерий - пектином или муреином. В качестве защитной реакции бактерии могут образовывать капсулу.