Папоротники сыграли значительную роль в образовании залежей каменного угля, а в настоящее время активно используются в пищу как лекарственные растения (глистогонное, противовоспалительное средства), а также культивируются на рисовых полях для обогащения их азотом. Представители отдела популярны качестве декоративных растений. Некоторые папоротники - марсилии - культивируются в качестве аквариумных растений