У голосеменных в отличии от покрытосеменных нет настоящих сосудов, только трахеиды (полые трубки). У голосеменных растений женский гаметофит представлен двумя архегониями и гаплоидным эндоспермом, у покрытосеменных - зародышевый мешок и трехплоидный эндосперм. У покрытосеменных растений развиваются цветки и плоды, у голосеменных - нет. Голосеменные растения не обладают двойным оплодотворением в отличии от покрытосеменных. Голосеменные растения могут опыляться только ветром, в то время как покрытосеменные ветром, пчелами, животными.