И бактерии, и простейшие являются живыми организмами клеточного уровня организации, то есть весь их организм представляет собой одну клетку. Однако бактерии относятся к прокариотам, а простейшие - к эукариотам, следовательно простейшие имеют:- оформленное ядро с ядерной оболочной, ядерным соком и ядрышками;- набор хромосом, представленный молекулой ДНК в белковой оболочке;- полный набор органоидов, а не только рибосомы и мезосомы, как бактерии.Кроме того, деление у простейших непрямое.