Пресмыкающиеся – раздельнополые животные.Мужская половая система состоит из пары семенников, которые расположены по бокам поясничного отдела позвоночника. От каждого семенника отходит семенной канал, который впадает в вольфов канал. С появлением туловищной почки у пресмыкающихся вольвов канал у самцов выступает лишь как семяпровод и полностью отсутствует у самок. Вольфов канал открывается в клоаку, образуя семенной пузырёк.Женская половая система представлена яичниками, которые подвешенны на брыжейке к спинной стороне полости тела по бокам позвоночника. Яйцеводы (мюллеровы каналы) также подвешены на брыжейке. В переднюю часть полости тела яйцеводы открываются щелевидными отверстиями – воронками. Нижний конец яйцеводов открывается в нижний отдел клоаки на её спинной стороне.В отличие от земноводных оплодотворение пресмыкающихся внутреннее. Самки откладывают яйца с большим содержанием желтка. Снаружи яйца покрыты кожистой оболочкой, как у многих видов ящериц и змей, или известковой скорлупой, как у крокодилов и черепах.У некоторых видов пресмыкающихся, например, у живородящей гадюки и обыкновенной гадюки, развитие зародышей в яйцах происходит еще в организме самки. Такая особенность размножения – яйцеживорождение – приспособление к жизни в северных областях распространения.