1) Впоследствии (слитно, так как предлог) обнаружили. 2) Документы включить в следствие (раздельно, так как существительное с предлогом) по делу. 3) Иметь это в виду (раздельно, так как существительное с предлогом). 4) В течение (предлог) дня. Слитно - 1).