Слово над музеем отвечает на вопрос над чем? и обозначает предмет. Это часть речи - имя существительное. Существительное над музеем стоит в форме единственного числа творительного падежа.В слове музеем: корень - музе, окончание - ем (музеи, музея, музеям),основа - музе.