Потому что, для того, что бы образовались облака нужна конденсация водяных паров, а это происходит в холодных слоях воздуха, и т.к. из за атмосферного давления осенью, эти слои воздуха опускаются ниже, чем летом, получается, что осенью облака бывают ниже чем летом.