Почему машиностроительные заводы размещены по всей территории России

Потому что наличие той или иной базы в регионе прежде всего зависит от сырья находящегося в этом регионе (для экономии средств бюджета, зачатую невыгодно переправлять сырье к примеру с Урала на завод в Поволжье) и спроса на продукцию (где-то упор делается на сельское машиностроение, где-то на промышленные нужды).