Прежде всего неэффективностью своей работы. Дело в том, что приказы, выросшие изначально из двух учреждений - Дворец и Казна, со временем очень сильно разрослись. Их количество серьезно выросло, но, функции их не были четко определены и структурированы. Часто бывало так, что одними и теми же вопросами занимались сразу несколько приказов, что приводило к противоречиям, поэтому возникала волокита. На смену приказной системе пришли коллегии, появившиеся в эпоху Петра Первого. Их должностные обязанности были строго определены, что решило ряд проблем.