Опасаясь козней от знатнейших бояр, Борис Годунов тщательно следил за ними, поощрял шпионство и доносы. Последние скоро настроили его к таким действиям, которые окончательно лишили его народного расположения. В числе бояр, пострадавших в правление Бориса Годунова от его подозрительности, находился Богдан Бельский, когда-то его приятель, удаленный из Москвы в начале царствования Федора Иоанновича и потом возвращенный из ссылки. Озабоченный постройкой крепостей на южной Украине против крымцев, Годунов в начале своего собственного правления послал Бельского строить там город Борисов. Но царю донесли, что Бельский щедро награждает ратных людей, а бедных оделяет деньгами и платьем; за что те и другие его прославляют. Годунов распалился гневом на Бельского, приказал его схватить и посадить в тюрьму в дальнем городе. Один иностранец (Бруссов) прибавляет, будто Годунов велел своему иноземному медику выщипать у Бельского его густую бороду, вероятно в отместку за то, что он не любил иноземцев и был ревнителем старых русских обычаев. Пострадали и дворяне, находившиеся вместе с Бельским при постройке городаВ правление Бориса Годунова свирепствовали опалы и на других знатных бояр, большей частью по доносам их слуг и холопей. Слуга князя Шестунова донес на своего хозяина. Хотя обвинение оказалось неважным, и Шестунова оставили в покое, но доносчик был щедро награжден: на площади перед всем народом объявили, что царь жалует ему поместье и зачисляет в сословие детей боярских. После такого поощрения доносов слуги бояр начали часто взводить на своих господ разные обвинения. Доносы умножились до такой степени, что жены начали доносить на мужей, дети на отцов. Обвиняемых пытали и томили в тюрьмах. Печаль и уныние распространились по всему государствуНачав править самостоятельно, Борис добирался до Романовых-Юрьевых (родоначальников следующей царствующей династии), которые казались ему опасными по своей близости к последним царям Владимирова дома и по народному к ним расположению. Клевретам Годунова удалось подговорить Бартенева, дворового человека одного из пяти братьев «Никитичей», Александра. Семен Годунов дал Бартеневу мешки с разными кореньями; тот подбросил их в кладовую Александра Никитича, а потом явился с доносом, говоря, что его господин припас какое-то отравное зелье. При обыске подброшенные мешки были обнаружены. Делу постарались придать огласку: мешки привезли на двор к самому патриарху. Братьев Романовых взяли под стражу; взяли и их родственников князей Черкасских, Репниных, Сицких и др. Их слуг по приказу Годунова подвергли пыткам, стараясь вымучить от них нужные показания. В июле 1601 года последовал приговор. Старшего из братьев Романовых Федора Никитича, самого даровитого и предприимчивого, постригли под именем Филарета и сослали в Антониев Сийский монастырь, в Холмогорском краю. Жену его Ксению Ивановну, урожденную Шестову, постригли, под именем Марфы, и сослали в Заонежье. Александра Никитича сослали в Усолье-Луду около Белого моря, Михаила Никитича в Пермский край, Ивана Никитича в Пелым, Василия Никитича в Яренск. Трое из братьев не выдержали суровой ссылки и скончались, не дожив до конца правления Бориса Годунова. Остались в живых Филарет и Иван. Иван был возвращен Годуновым в Москву. Но Филарет Никитич оставался в заточении; шпионы доносили обо всех его речах.Спустя три года (в 1605) пристав Воейков уже жалуется на сийского игумена Иону за то, что он делает разные послабления старцу Филарету. Эта перемена в поведении Филарета произошла после того, как и на отдаленный север достигли слухи об успехах самозванца и ожидания близкого падения Годуновых.