есть ли противоречие в сочетании мертвые души?

неверно,Душа уже сама собой предполагает что-то бессмертное, мертвой может быть лишь наша земная оболочка, душа же бессмертна. В этом, я думаю, и есть противоречие. Как бессмертная душа человеческая может быть мертвой?. Этим, я думаю, автор и хотел показать безнадежность людей, которых он назвал мертвыми душами, т.е. они на столько запутались в своей жизни, что перестали просто напросто существовать, стали обладателями "мертвых душ", т. е. лишились их вовсе.

так вы сами доказываете, что противоречие есть

да,  в теме средства изобразительности языка, это противоречие является художественным приемом и называется оксюмарон- дословно сочетание несочитаемого или еще сопоставление противоречивых понятий. например : жаркий снег, громкий шепот