Как проверить слово войти

приставки ВО- не бывает(здесь приставка ВО-)

Приставки ВА не бывает, Вы хотели сказать. Думаю, можно и так проверить, но в любом случае можно отталкиваться от однокоренного глагола - ВХОДИТЬ. Тут и Ваш способ проверки, и мой будут верны.

Возможно, стоит проверять словом ВХОД, где гласная О четко слышится.