какая здесь грамматическая основа?
Он был бос, в старых вытертых плисовых штанах, без шапки, в грязной ситцевой рубахе с разорванным воротом, открывавшим его сухие и угловатые кости

а всё остальное дополнения?

Да, но "открывавшим его сухие и угловатые кости" - это причастный оборот, который в предложении является определением

Он был - вот грамматическая основа.

Основа:он-подлежащеебыл бос,в штанах,без шапки,в рубахе-составное именное сказуемое с однородными именными частями.