Был серый, неприятный день с холодным пасмурным небом. Объясни отсутствие запятой между второй парой определений.

Тут отсутствие запятой, так как "Серый" и "Неприятный" это однородные члены предложение, и между ними всегда стоит запятая. А "Холодным" это  не однородный член предложения.Вот:День-подлежащие,Был-сказуемое,Неприятный-определение, однород. член(день какой?-неприятный),Небом-дополнение(день с чем?-с небом),Пасмурным-определение,(небом каким?-пасмурным.)Холодным.....И так далее.