Да, перед нами мандаринка, или японка.

В этом предложении перед "или японка" стоит запятая, потому что это уточняющее обстоятельство или это приложение?

Да, перед нами  мандаринка,   или японка.  ( или - в данном предложении пояснительный союз в значении то есть,  Пояснение - это обозначение одного и того же понятия, но другими словами)  - здесь или японка уточняющее дополнение