Во главе всего управления с 1711 г. стоит Сенат. Около 1700 г. старая Боярская дума исчезает как постоянное учреждение и заменяется ближней канцелярией государя, в которой, как в старину, происходит иногда совещание бояр.
Во время своих беспрестанных поездок ведение государственных дел в Москве Петр I поручал не учреждению, а нескольким доверенным лицам из старых думных чинов (Петр никому не давал этих чинов, но и не отнимал их у имевших) и лицам новых чинов и званий. Но в 1711 г., отправляясь в Прутский поход, Петр I вверяет государство не лицам, а вновь основанному учреждению.
Это учреждение – Сенат. Его существование, как объявлял сам Петр, вызвано именно «отлучками» государя, и Петр повелевал всем слушаться Сената, как его самого.
Таким образом, миссия Сената первоначально была временной. Он заменял собой: 1) старые думские комиссии, назначаемые для того, чтобы в отсутствие государя «Москву ведать», и 2) постоянную «Расправную палату», бывшую как бы судебным департаментом Боярской думы.
Но с возвращением Петра к делам Сенат не был упразднен, а стал постоянным учреждением, в организации которого при Петре I замечают три фазиса.
С 1711 до 1718 г. Сенат был собранием лиц, назначенных специально для присутствования в нем;
с 1718 по 1722 г. Сенат делается собранием президентов коллегий;
с 1722 г. Сенат получает смешанный состав, в него входят некоторые президенты коллегий (военной, морской, иностранной) и в то же время в нем есть сенаторы, чуждые коллегиям.